Materials Studio官方教程(Help-Tutorials)-查看和使用学习表及图表
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简介:学习表是Materials Studio工作流程的重要组成部分。这些文档(.std文件)显示为电子表格,将数学表达式评估和数据控制与化学意识相结合。学习表的单元格可以包含字母数字字符串、3D结构或图表。
本教程向您展示如何打开学习表、导入分子结构以及计算导入分子的一些基本属性。
目的:介绍Materials Studio中学习表和图表的概念。
本教程重要节点:
打开一个新的学习表文档-将分子结构插入学习表-查看学习表中的结构-学习表中支持结构的其他类型-计算基本描述符-操作学习表查看器中显示的数据-在图表中绘制多个数据
1.打开一个新的学习表文档
从菜单栏中选择File|New…打开新建文档对话框。选择Study Table并单击OK按钮。
注意:还有其他几种创建新学习表文档的方法,例如,单击新建按钮
或工具栏Standard上与之关联的选项箭头,然后从New Document对话框或下拉列表中选择Study Table Document。您也可以在Project Explorer中右键单击项目名称并选择New|Study Table Document。
2.将分子结构插入学习表
将学习表文档作为活动文档,从菜单栏中选择Edit|Insert From…,或单击Standard工具栏上的Insert From File按钮
插入。
导航到Structures\organics文件夹。选择此文件夹中的所有.msi文件,然后单击Open按钮。十个分子被插入到学习表中。
3.查看学习表中的结构
表格的A列填充了分子的名称和3D Atomistic文档图标。要查看分子的结构,只需双击相应的单元格。
双击包含135benz的单元格。
将显示一个学习表详细视图,其中包含1,3,5-三甲基苯的3D结构。您可以以通常的方式操作此结构,例如,编辑、缩放、平移、旋转等。
将一个苯氢原子变为另一个甲基。
单击苯环上的三个氢原子之一以将其选中。单击工具栏上Sketch的Modify Element按钮
修改元素关联的选项箭头以显示元素列表,选择Carbon,氢原子变成碳。
单击Adjust Hydrogen按钮
以将三个氢原子连接到新的碳原子上。单击Clean按钮。
单击Commit Edit To Study Table按钮提交编辑到学习表。通过单击关闭按钮来关闭学习表详细视图。
4.学习表中支持结构的其他类型
学习表还支持3D周期系统,例如晶体或非晶单元结构,以及图表文档。也可以插入3D Atomistic Trajectory文档(.xtd),轨迹文件的每一帧都放置在学习表中。这些结构可以像以前一样插入,也可以直接从Project Explorer插入。
学习表文档类型仅支持图表和3D原子结构和轨迹。
5.计算基本描述符
学习表的部分视图如下所示。
注意:学习表顶行中的单元格包含列标签A、B等,称为“列标题”。第二行中的单元格包含对列内容的描述,例如结构,称为“列描述”。在计算多个结构的属性时,学习表的价值变得显而易见。
在学习表中,单击列标题A。整列变为蓝色,表示它已被选中。
注意:您可以随时通过按ESC键取消选择(取消当前选择)。
单击工具栏上QSAR Models的Models按钮
以显示模型对话框。
从Output列表中,选择Element count。按住CTRL键并同时选择Atom count和Non bond energy。单击Run按钮,然后单击Close按钮以关闭模型对话框。
注意:Element count的默认行为是计算碳原子的数量。您可以使用模型对话框中的Edit Model工具
来更改此设置。等待工作完成;只需要几秒钟。
计算结束时将显示作业完成消息。计算结果在B到G列中报告。
单击OK按钮关闭Job Completed对话框。
6.操作学习表查看器中显示的数据
Study Table Viewer中的一些工具现在可以使用了。
选择包含原子计数数据的B列。单击Study Table Viewer的Filter Selection按钮。
创建第二个数据表,包括同一学习表的一部分。此视图中不显示其他列。当涉及大量数据时,此选项会很有帮助。现在从新工作表中删除过滤。
单击与Filter Selection按钮
相关的选项箭头,然后从下拉列表中选择Show All。
选择包含原子计数数据的B列。单击Sort Ascending按钮。
数据按原子数升序排列。
选中B列后,单击Study Table Viewer上的Quick Plot按钮绘图。
生成包含原子计数与行数图的图表文档(.xcd)。
单击学习表中的任意位置以使其成为活动文档。选择空列H。单击Define Function按钮
以打开定义函数对话框。
在Expression文本中,输入C/B。在Name文本框中,输入Ratio。在Description文本框中,输入Fraction of carbon。单击OK按钮。
计算每个分子中碳原子的比例并显示在H列中。
7.在图表中绘制多个数据
选择列B、D、F和G,单击Study Table Viewer工具栏上的Plot Graph按钮关联的选项箭头,然后选择Plot Graph。
显示绘图对话框。
从Graph Type下拉列表中选择Scatter(2-D)。选择B作为X轴变量,然后单击Plot按钮。
生成包含非键贡献与原子计数图的图表文档(.xcd)。图表文档的X轴图例下方有多个复选框。取消选中并选中图例复选框,以隐藏或显示相应的数据。
在图表文档中右击打开图表,选择Show Crosshair。
您可以使用十字准线获取有关各个数据点的信息。
选择Window|Close All以关闭所有窗口。当提示保存时,单击Yes to All按钮。
本入门教程到此结束。
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