Materials Studio官方教程（Help-Tutorials）- 将分子对接到表面

好酷屋教程网小编为您收集和整理了Materials Studio官方教程（Help-Tutorials）- 将分子对接到表面的相关教程：简介：表面化学，特别是化学吸附和多相催化，在许多工业过程中起着至关重要的作用。可以使用分子建模和计算方法获得对这些过程的化学和物理的宝贵见解。这些知识构成了化学设计过程的关键输入。本教程说明Mat

简介：表面化学，特别是化学吸附和多相催化，在许多工业过程中起着至关重要的作用。可以使用分子建模和计算方法获得对这些过程的化学和物理的宝贵见解。这些知识构成了化学设计过程的关键输入。

本教程说明 Materials Studio 如何帮助进行表面化学的计算研究。它详细介绍了如何构建原子表面模型以及如何将小的化学成分对接在该表面上。

目的：介绍使用 Surface Builder 切割晶体结构并将片段放置在新表面上。

本教程重要节点：

剪切表面-构造超晶胞-加入一个真空片层-将分子定位在表面上

1.剪切表面

第一步是导入一个想要剪切的晶体表面。在本节中，将处理一个纯铂表面。

使用File/import工具导入如下位置Examples\Documents\3D Model\Pt.xsd的Pt晶体结构。然后点击Build/Surface/Cleave Surface

晶体上的蓝色虚线显示要剪切的平面。同样的信息也可以在Surface Box栏最上方的Cleave Plane中看到。默认的平面是(-1 0 0)，现在我们要剪切的平面是(1 1 1)表面。

在Cleave Plane中输入1 1 1并且按下Tab键进行确认

蓝色盒子移动到(1 1 1)面上，我们可以在Surface Box中的Position中设定表面的顶端和深度。

单击Top中向上的箭头一次，表面的顶端就会移动到下一层原子上。同样也可以设置表面的深度，在这里我们将其设定为3个分数坐标。设置完成后单击Cleave按钮

新的Pt(1 1 1).xsd文件出现。其中显示的既是Pt晶体的(1 1 1)表面。   

2.构造超晶胞

已经建造了Pt晶体的(1 1 1)表面。然而，在许多应用领域中，对于表面的研究需要多个这样单元的集合。在Materials Visualizer中可以增加观测到的单元数量，而不改变其周期性单元结构，

在Display Style的Lattice栏中，改变U、V的大小，形成一个3×3的表面

或者构建超晶胞体系，将周期性重复单元扩大。

在Build菜单Symmetry中选择Super Cell命令设定超晶胞(包括了原有单元)在U、V方向上的数量为3

完成后，一个由9个原始单元组成的大表面出现。该体系具有二维周期性，为了使用量子力学程序，例如DMol3或者CASTEP，需要使用Vacuum Slab功能将其转换为3D结构。

3.加入一个真空片层

在已构建的表面结构之上加入一个真空片层，从而利用一个3D周期性重复单元近似表示2D表面结构。底部是表面而其上保持真空状态。可以在真空片层中加入分子，以研究分子与表面之间的作用。

点击Build/Crystal中的Build Vacuum Slab

弹出相应对话框。此对话框允许指定真空片层的厚度、取向和位置。

 

将真空的厚度从10.00增加到20.00，然后单击Build

Pt(1 1 1).xsd文件被更新，出现了一个底部为表面的矩形框。由于该体系是3D周期结构，因此在顶部也会有一层原子，我们可以改变其显示风格去除这层原子，方法为

在Display Style的Lattice中，将Style设置为Original

4.将分子定位在表面上

现在我们要构造一个小分子并将其放置到表面上。首先我们要在一个新的3D文档中绘制一个甲烷分子，并将其拷贝粘贴到真空片层文档中。

先构造一个甲烷分子，并将其粘贴到真空片层文档中。使用Shift+Alt将分子移动到相应的位置。完成后，采用CPK模型来进行显示，能够更清楚地进行观测

在定位甲烷分子的时候，可能会需要对其进行旋转。完成后的状态应该与下图相似，甲烷中的一个氢原子插入到表面内，其它原子在表面上方。

本入门教程到此结束。

以上就是好酷屋教程网小编为您收集和整理的Materials Studio官方教程（Help-Tutorials）- 将分子对接到表面相关内容，如果对您有帮助，请帮忙分享这篇文章^_^

本文来源： https://www.haoku5.com/IT/639e9b800339098a360b492c.html

相关推荐