Materials Studio官方教程（Help-Tutorials）- 项目管理

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发布于2022-12-18

好酷屋教程网小编为您收集和整理了Materials Studio官方教程（Help-Tutorials）- 项目管理的相关教程：背景：当您运行Forcite和CASTEP作业等高级操作时，可以生成具有多种不同文档类型文档。为了简化这些文档的管理，MaterialsStudio提供了一个名为ProjectExp

背景：当您运行 Forcite 和 CASTEP 作业等高级操作时，可以生成具有多种不同文档类型文档。为了简化这些文档的管理，Materials Studio 提供了一个名为 Project Explorer 的功能。这类似于 Visual C++® 等高级编程语言包中的文档管理系统。除了程序自动创建的文件夹和文档之外，您还可以创建自己的文件夹来自定义文档组织和您自己的文档，以帮助您跟踪您在做什么。

简介：本教程分为两部分。第一部分描述了一个示例项目，您可以在其中看到执行计算（例如能量最小化）如何影响项目的结构。后面的部分将指导您创建自己的项目。由于处理项目是使用 Materials Studio 的重要组成部分，因此在其他教程中也引用了 Project Explorer。

目的：介绍 Materials Studio 中项目的概念，并说明如何使用它们来管理您的工作流程。

本教程重要节点：

示例项目的图解分解-入门-使用自动保存-导入结构-生成图表文档-创建新文件夹并移动文档-添加和重命名 HTML 文档-导入预定义文件夹-复制和粘贴-保存项目-对项目进行排序-改变焦点-删除文档

1.示例项目的图解分解

本教程的这一部分包含一个示例项目的细分。它仅用于说明目的，不包括您需要完成的任何工作。在这个示例项目中，加载并最小化了一个m-xylene分子，然后执行了动力学运行并分析了动力学运行的结果。然后分解以反映每个步骤之后对 Project Explorer 的更改。

1. 初始项目名为sample，导入m-xylene结构。

2. Forcite 几何优化运行后，会创建一个名为 m-xylene Forcite GeomOpt 的新文件夹，并将最小化的结构放置在该文件夹中。 m-xylene.txt 文件包含来自 Forcite 计算的信息。

3. 已执行 Forcite 动力学计算并将数据放置在m-xylene Forcite Dynamics文件夹中。文件 m-xylene.xtd 是包含动力学模拟的轨迹文件。

4. 已进行分析以评估整个动力学运行中键长的分布。此信息存储在突出显示的m-xylene Forcite Bond Distribution.xcd文档中。

这是标准计算的布局。由于每次新计算都是对先前计算的结果执行的，因此会添加一个新的子文件夹。这使您可以从目录树中跟踪模拟的路径。如果您要在同一个项目中构建并最小化第二个分子，您会看到示例的根项目中出现第二个文件夹。

注意：包含活动文档的文件夹以粗体显示。

2.入门

如果 Materials Studio 尚未打开，请双击桌面上的 Materials Studio 图标

以启动程序，或者从 Windows Start菜单上的程序列表选择 BIOVIA | Materials Studio xxxx。

Materials Studio 启动后，将打开 Welcome to Materials Studio 对话框，询问您是要打开现有项目还是创建新项目。

单击Create a new project按钮，然后单击OK按钮。

这将打开“新建项目”对话框。您将创建一个名为 Management 的项目。

删除文本 Untitled 并键入 Management。单击OK钮。

如果 Materials Studio 已经打开：

从菜单栏中选择File | New Project…打开 New Project 对话框。在File name文本框中，键入Managemen并单击OK按钮。

您现在已经创建了一个 Materials Studio 项目。 Materials Studio 将打开，顶部有一个菜单栏和工具栏，左侧是 Project Explorer，中间有一个大的灰色区域，称为工作区。名为 Project 的 Project Explorer 窗口包含项目的标题 Management，在 Materials Studio 图标旁边以粗体显示。

为了确保您可以完全按照预期操作本教程，您应该使用设置管理器对话框来确保您的所有项目设置都设置为它们的 BIOVIA 默认值。有关如何恢复默认项目设置的说明，请参阅创建项目教程。

3. 使用自动保存

Materials Studio 包含一个自动保存功能，该功能在操作期间以指定的时间间隔自动将当前项目中文档的更改写入磁盘。如果您希望自动保存在操作期间运行，则应确保将其打开，并在必要时调整更新间隔。

从菜单栏中选择Tools | Options…打开Options 对话框。在General选项卡上，选中Enable Autosave复选框并将更新间隔设置为 10 分钟。

如果 Materials Studio 会话由于断电或计算机故障而意外结束，例如，在您有机会保存工作之前，当您重新启动时，您将有机会恢复最新的自动保存版本的当前项目中的文档。

注意：仅提供一次恢复文件的选项。如果您拒绝恢复自动保存的文件，则磁盘上的版本将被删除。

或者，您可以从Options 对话框的Locations tab选项卡上指定的位置手动恢复自动保存的文档。

在Options 对话框中选择Locations选项卡。检查 Autosave 文件夹的默认位置。单击OK按钮关闭Options 对话框。

提示：自动保存不能替代定期保存项目中的文档。

4. 导入结构

下一步是导入一个结构以查看它适合 Project Explorer 层次结构的位置。

单击工具栏上的Import按钮导入。

这将打开“导入文档”对话框。您应该导入位于3D Model文件夹中的 MnO 结构。

导航到 Import Document 对话框中的 Examples\Documents\3D Model 文件夹。选择 MnO.xsd 文档并单击Open按钮。

MnO.xsd 文档显示在 Project Explorer 中第一层的 Materials Studio 图标下，并在工作区的 3D 查看器中打开。

5. 生成图表文档

为了查看 Project Explorer 的实际应用，您需要生成一些文档以供使用。这可以通过计算powder pattern来快速实现。您不用分析这些数据，因为您生成它的目的仅仅是为了文档操作。

使用 Reflex 模块生成粉末衍射图案。这可以使用模块菜单或工具栏访问。

单击工具栏上Modules的Reflex箭头或从菜单栏中选择Modules | Reflex，然后从下拉列表中选择Powder Diffraction。

这将打开反射粉末衍射对话框。由于您没有将这些结果用于任何科学分析，因此您无需更改任何设置。

单击Calculate按钮。

显示一个图表，显示模拟的粉末衍射图。

单击按钮关闭反射粉末衍射对话框。

在 Project Explorer 窗口中，现在有两个文档，一个名为 MnO.xsd，一个 3D Atomistic 文档，另一个名为 MnO.xcd，一个图表文档。稍后，您将为不同的结构生成图表，因此您应该将当前结构和图表放在一个新文件夹中，以保持 Project Explorer 整洁。

6. 创建新文件夹并移动文档

单击 Project Explorer 中的图标

Project Explorer 工具栏上突出显示的按钮发生变化，因此新文件夹按钮现在处于激活状态。

单击Project Explorer的New Folder按钮。

使用默认名称创建一个新文件夹，新文件夹可用于编辑。您应该将此名称更改为更合适的名称。

键入 MnO 并按 ENTER 键。

您现在在管理项目中有一个名为 MnO 的新文件夹，您可以将图表和结构文档移动到其中。

在 Project Explorer 中将光标移到 MnO.xcd 上，然后单击并按住鼠标左键并将文档拖到 MnO 文件夹中，然后松开鼠标按钮。对 MnO.xsd 文档重复此过程。

7. 添加和重命名 HTML 文档

Materials Studio 还具有将 HTML 文档添加到项目的功能。这些对于添加实验注释或计算设置以供您在工作时参考非常有用。 HTML 文档比纯文本文档具有优势，因为它们允许将文本格式加载到任何支持 HTML 的文字处理器中，并且易于共享。

如果您创建一个新文档，它会被添加到当前选择的文件夹中。例如，如果选择了 MnO 文件夹并创建了一个新文档，它会自动放置在 MnO 文件夹中。由于您希望此 HTML 文档位于根文件夹中，因此您需要选择管理项目图标。

单击项目资源管理器中的Management。

现在创建一个新文档。

从菜单栏中选择File | New…。

这将打开“新建文档”对话框，允许您从可以添加到当前项目的不同文档类型中进行选择。您将从可用选项中选择 HTML 文档类型。

选择 HTML 并单击确定按钮。

将出现一个名为 HTML 的新窗口。这是一个基本的 HTML 文本编辑器，可与 HTML 格式工具栏结合使用，以创建具有粗体和斜体文本以及对齐等功能的标准 HTML 文本。它的使用方式与文字处理包大致相同。

从菜单栏中的选择View | Toolbars | HTML Formatting。

显示 HTML 格式化工具栏，现在您可以格式化要添加的文本。

在 HTML 文本编辑器窗口中键入以下内容：

This is the first project I have created and it contains:

单击Number List按钮并键入：

现在给文档起一个信息更丰富的名称。

在 Project Explorer 中选择 HTML.htm。右键单击并从快捷菜单中选择Rename。键入Project Information并按 ENTER 键。

8. 导入预定义文件夹

除了将文档导入 Project Explorer 之外，您还可以将它们定向到特定文件夹中。您可以通过在导入结构之前选择文件夹来执行此操作。为了证明这一点，您将导入另一个名为 CeO2.msi 的金属氧化物结构。首先，您将创建一个名为 CeO2 的新文件夹。

选择根图标并右键单击，选择菜单中的New | Folder。将文件夹的名称更改为 CeO2 并按 ENTER 键。

您现在已经创建了要将文档导入到其中的文件夹。应该已经选择了新文件夹，但如果没有，您应该选择它。

单击 CeO2 文件夹。

现在您可以导入文档了。

从菜单栏中选择File | Import…打开 Import Document 对话框。导航到Examples\Documents\3D Model目录。从文档列表中选择 CeO2.xsd 并单击Open按钮。

注意：“导入文档”对话框底部的文本框指示文档将被导入的位置。

结构被导入 CeO2 文件夹。现在，您将再次使用 Reflex 计算粉末衍射图案。

单击 Reflex 箭头或从菜单栏中选择Modules | Reflex，然后从下拉列表中选择Powder Diffraction。

这将打开反射粉末衍射对话框。在计算衍射图案之前，您必须更改“显示”选项卡上的选项。

选择Reflex Powder Diffraction对话框的Display选项卡。在View management部分，单击Chart view下拉列表并将选项从替换更改为New。

现在，当您计算新的衍射图案时，它将被写入新的图表文档，而不是替换原始图表，这是默认行为。

单击Calculate按钮并close对话框。

图表文档 CeO2.xcd 显示在 Project Explorer 的 CeO2 文件夹中。您应该更新项目信息 HTML 文档。

在 Project Explorer 中双击 Project Information.htm。在新行上，键入以下内容：

CeO2 Folder – contains CeO2 structure and results from a powder diffraction calculation with default values。

9. 复制和粘贴

除了将文档导入文件夹外，您还可以制作其他项目文档的副本。您将把所有衍射图放在一个文件夹中。首先，您将创建一个名为 Charts 的新文件夹。

选择根图标并右键单击，选择菜单中的New | Folder。将文件夹的名称更改为 Charts 并按 ENTER 键。

您现在已经创建了要将图表文档复制到其中的文件夹。

注意：您还可以将文档或文件夹复制到项目根目录。

首先，复制 CeO2 图表。

选择 CeO2.xcd 文件，右键单击并从快捷菜单中选择Copy。

选择 Charts 文件夹，右键单击并从快捷菜单中选择Paste。

现在，使用另一种方法复制 MnO 图表。

选择 MnO.xcd 文件，按住 CTRL 键并将图表文件拖到 Charts 文件夹中。

提示：这些方法中的任何一种都可用于在一个步骤中制作文件夹或多个选定文档的副本。如果您复制多个项目，对话框将检查您是否要将所有选定的项目复制到指定文件夹，单击“是”进行复制。

10.保存项目

现在您有了一些结果，您应该保存项目。

菜单栏中选择File | Save Project保存项目。

所有文档都已保存到项目中，并且都以当前状态保存。如果您正在处理一个包含许多文档的大型项目，并且希望在进行时偶尔保存选定的文档，您可以通过选择文件 | 来执行此操作。从菜单栏中保存。

Project Explorer 现在应该如下所示。

您可以压缩节点以隐藏文件夹内容。这可能会使导航大型项目变得更容易。

单击文件夹图标旁边的 – 符号以折叠节点。

仅显示项目顶层的项目。

11. 对项目进行排序

可以对 Project Explorer 中列出的文件和文件夹进行排序，以便在有许多可用文件时更容易找到特定文件。

如果您单击排序按钮，文件和文件夹都将根据请求的排序类型进行排序，但文件夹将始终在项目资源管理器中首先列出 – 在任何文件之前。

单击 Project Explorer 工具栏上的Sort按钮。

文件夹和文件按名称排序，因此 CeO2 文件夹列在 MnO 文件夹之前。

单击项目资源管理器工具栏上的Sort箭头，然后从下拉列表中选择Date Created。

文件夹和文件按创建时间和日期排序，因此 MnO 文件夹列在 CeO2 文件夹之前，因为它是在您目前执行的步骤中首先创建的。

12. 改变焦点

使用焦点是 Materials Studio 体验中非常重要的一部分。如果您在工作区中打开了许多文档，则有时可能不清楚哪个文档属于哪个文件夹。但是，使用 Project Explorer，您可以轻松浏览。工作区中的活动文档在 Project Explorer 中以灰色突出显示，包含该文档的文件夹以粗体显示。

如果您在 Project Explorer 中双击一个文档名称，它将成为工作区中的活动文档。

在 Project Explorer 中双击 MnO.xsd。

3D Atomistic 文档被带到工作区的前面，文档名称以灰色突出显示。

在 Project Explorer 中双击 MnO.xcd。

MnO 图表文档变为活动状态，并在 Project Explorer 中以灰色突出显示。也可以更改工作区中的焦点。

单击工作区中可见的任何查看器的标题栏或框架。

您选择的文档将变为活动状态，并且 Project Explorer 中的文档名称以灰色突出显示。这只是一个使用改变焦点的简单示例。当您使用其他模块执行实验计算时，对焦点工作方式的深入了解将是无价的。

13. 删除文档

您可以从项目中删除单个文档。这是通过在 Project Explorer 中选择要删除的文档并单击 Delete 按钮来完成的。现在从当前项目中删除 HTML 文档。

在 Project Explorer 中，选择 Project Information.htm 文档并单击 Project Explorer 工具栏上的 Delete 按钮删除。

这将打开一个对话框，询问您是否确定要删除该文档。

单击Yes按钮。