Discovery Studio分子对接后分析结果

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前面我们介绍到分子对接前受体、配体的准备以及受体结合位点的定义，还以LibDock为例执行分子对接，可是对接完之后我们该怎么去分析结果呢和展示精美的分子对接图呢？

在Discovery Studio中我们可以通过以下方法来分析分子对接结果：基础：对接结果可视化、对接打分、计算结合能；进阶：分子动力学、拉伸分子动力学。在这里我们暂且只介绍基础版。

1.1 对接结果可视化
首先我们将执行分子对接的结果文件打开，选择查看相互作用功能，定义受体和合适的对接pose的配体。然后再点击Ligand Interactions即可显示受体和配体的非键作用关系。还可以选择创建以显示受体表面，创建一个表面颜色为蓝色的芳香环边缘和橙色的芳香环面；创建一个以氢键类型着色的表面，受体供体为洋红色，受体受体为绿色；创建由受体原子的内插原子电荷着色的表面；根据受体残基的疏水性形成表面颜色，从亲水性的蓝色到疏水性的棕色；通过受体残基的电离性产生表面颜色，从蓝色表示碱性到红色表示酸性；根据受体残基的溶剂可及性创建一个表面颜色，从蓝色到绿色，从暴露到埋没。

1.2 统计对接结果

统计结果包括计算受体和配体对接pose之间的有利和不利的相互作用。该协议允许计算一组配体姿态上的非键受体-配体相互作用(例如，对接运行的结果)。根据所选择的范围(即分子、链、残基或原子)，添加属性以轻松识别相互作用的蛋白质区域。配体可以根据指定的残留选择进行过滤。还可以选择确定游离配体和结合配体的溶剂可及表面积(SASA)。报告提供了总结计算出的相互作用的表格和直方图，为进一步分析提供了重要信息。此外，热图脚本可交互式可视化受体-配体相互作用。

2.1 使用一系列评分函数对配体姿势进行评分

使用广泛选择的评分函数计算活性受体位点上的配体结合。该评分可用于评估配体结合。计算的分数总是报告为正数值，以确保分数越高表示绑定越有利。DS提供如下评分：CDOCKER Scores、LigScore1 and LigScore2、PLP1 and PLP2、Jain、PMF and PMF04、Ludi scores (1,2,3)、CDOCKER Score、Goldscore*、Chemscore*、ASP*、CHEMPLP*（*为GOLD专属，DS提供GOLD对接接口，需要额外购买license）。

2.2 计算结合能

估计每个配体和受体之间的结合自由能。受体-配体配合物结合的自由能可以由复合物、受体和配体的自由能计算出来。利用基于CHARMm的能量和隐式溶剂化方法，可以估计这些自由能，从而计算出总体结合自由能的估定值。你可以选择计算一组相关pose的平均结合能。此外，还可以计算结合配体的构象熵和能量损失。为了计算结合能和构象熵，必须指定一个受体结构和一组配体位姿。要计算平均值，必须根据每个基团都有一个以上成员的性质来分组配体。

结合能计算公式如下:
EnergyBinding = EnergyComplex – EnergyLigand – EnergyReceptor

还提供总结合能的计算，公式如下：

Total Binding Energy = Binding Energy + Ligand Conformational Energy

我们可以根据一些配体的性质将配体分组，并计算每个基团的平均结合能。例如，一个输入SD文件包含几个配体。有些配体有不止一种pose。在SD文件中，同一配体的不同配体pose共享相同的配体名称。如果选择“name”，则将为每个配体报告相同配体的所有位姿的平均结合能。

红框中的参数建议选择TURE，这样可以对配体进行最小化、计算构象熵（计算总结合能）。

3 选择合适的pose作图

当我们经过以上步骤对对结果完成筛选后，可以选择合适的pose输出保存图片，或者通过Pymol等第三方可视化软件进行绘图。

以上就是关于分子对接后分析结果的方案。

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